人才队伍
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叶露鹏

准聘副教授,研究员,博导
合成免疫与细胞免疫治疗


个人简介

叶露鹏,教授,研究员,博导,国家级青年人才项目入选者,江苏特聘教授,至诚青年教授,江苏省双创团队核心成员。2010-2015年在浙江大学攻读博士学位,专业为生物化学与分子生物学,于2015年获得理学博士学位。毕业后进入浙江大学药学院进行博士后训练,研究方向为转座子定点转座和利用新型的基因编辑工具重编程DNA损伤修复通路。2017至2021年在美国耶鲁大学医学院基因编辑和肿瘤免疫领域的知名学者Sidi Chen教授实验室从事博士后研究(Postdoctoral Associate),2021年7月晋升为Associate Research Scientist,研究方向为新型基因编辑工具的开发和运用,肿瘤免疫治疗以及细胞治疗等。在原代小鼠T细胞中建立了新型CRISPR Loss-of-Function和Gain-of-Function筛选平台并以此寻找到多个潜在的免疫治疗新靶点和免疫增强因子,通过遗传改造CD8+ T细胞、 CAR-T 细胞、以及NK细胞使其具备更强的抗肿瘤能力,并最终揭示新靶点的作用分子机制。2022年加盟南京大学现代生物研究院,创建“癌症免疫治疗与免疫工程(Cancer Immunotherapy and Immune Engineering)” 实验室。

叶露鹏教授团队主要致力于新型基因编辑与递送技术的开发、功能基因组学筛选及肿瘤免疫治疗研究。研究团队围绕CRISPR基因编辑、腺相关病毒(AAV)衣壳工程、Sleeping Beauty转座子及mRNA递送技术,开发高效、精准的基因组工程化工具和高通量筛选平台,系统鉴定肿瘤免疫治疗的新靶点及免疫增强因子,并探索其在CAR-T、TCR-T和CAR-NK等新型细胞治疗中的应用。

近年来的主要研究成果包括:

(1)开发新型T/NK细胞靶向AAV载体,实现高效的免疫细胞工程化与在体CAR-T细胞制备(Nature Biotechnology, 2026)。在人原代T细胞中直接开展AAV衣壳定向进化,成功鉴定出一系列具有APR特征基序的新型AAV变体,其中代表性衣壳AAV.APR31能够通过识别CD7受体显著提高人T细胞和NK细胞的基因递送效率。与天然AAV6相比,该载体能够在大幅降低病毒剂量的同时实现高效转导和CRISPR介导的精准基因敲入,并成功应用于CAR-T、TCR-T和CAR-NK等多种治疗性免疫细胞的制备,为下一代精准细胞治疗提供了新型基因递送工具。

(2)开发AAV与Sleeping Beauty转座子联合的基因递送和高通量筛选平台,在原代T和NK细胞中发现肿瘤免疫治疗新靶点(Nature Biotechnology, 2019;2024)。自主开发基于AAV和Sleeping Beauty转座子系统的免疫细胞遗传改造及功能筛选技术,实现膜蛋白的高通量功能筛选,鉴定了多个用于胶质母细胞瘤及其他实体瘤免疫治疗的新靶点,并进一步发现了影响CAR-NK细胞抗肿瘤活性的关键卡控点。多个新型膜蛋白靶点相关技术已授权生物医药公司,推动了相关研究成果的转化应用。

(3)建立MAJESTIC免疫细胞遗传改造平台,实现治疗性免疫细胞的高效制备(Nature Biomedical Engineering, 2023,封面论文)。创新性整合AAV、Sleeping Beauty转座子和mRNA三大技术体系,建立MAJESTIC(mRNA AAV–Sleeping Beauty Joint Engineering of Stable Therapeutic Immune Cells)平台,实现外源治疗性基因的高效递送和稳定基因组整合。该平台可用于CAR-T、CAR-NK及其他工程化细胞的制备,具有较高的细胞活性和稳定的转基因表达能力,为新一代细胞治疗产品的开发提供了重要技术支撑。

(4)率先实现原代T细胞在体CRISPR全基因组筛选,发现新型肿瘤免疫治疗靶点(Cell, 2019)。在小鼠原代CD8⁺ T细胞中建立并实施在体CRISPR全基因组功能筛选,系统鉴定了包括Dhx37在内的多个调控T细胞抗肿瘤免疫功能的新靶点,为利用功能基因组学技术发现免疫治疗靶点提供了新的研究策略。

(5)开发全基因组CRISPR Gain-of-Function筛选技术,发现增强T细胞抗肿瘤功能的代谢调控因子(Cell Metabolism, 2022)。建立基于“dead guide” RNA的全基因组CRISPR功能获得性筛选平台,发现包括Prodh2在内的多个免疫增强因子(Immune Boosters),能够通过重编程T细胞代谢,提高CD8⁺ T细胞和CAR-T细胞的增殖、功能及抗肿瘤活性。相关研究成果为代谢工程化细胞治疗提供了新思路,并作为重要技术基础之一促成了细胞治疗公司的创立。

(6)开发CRISPR-Cpf1双基因敲除筛选技术,揭示肿瘤转移相关的遗传互作网络(Nature Methods, 2019)。以小鼠肺癌模型为基础,建立基于CRISPR-Cpf1的组合基因敲除筛选体系,系统鉴定促进肿瘤转移的关键基因组合及其遗传互作关系,绘制了肿瘤转移相关遗传互作图谱,为解析肿瘤恶性进展的分子机制提供了新的技术方法。

(7)建立基于“dead guide” RNA的精准基因编辑调控技术,提高同源重组修复效率(Cell Discovery, 2018)。开发能够协同调控非同源末端连接(NHEJ)和同源重组修复(HDR)的CRISPR技术,通过抑制NHEJ相关通路并增强HDR修复过程,提高基因定点整合与精准修复效率,为基因治疗及精准基因组工程化提供了新的技术策略。

叶露鹏教授团队已在CRISPR基因编辑工具开发、高通量遗传筛选、AAV衣壳工程与靶向基因递送、免疫细胞遗传改造、CAR-T/CAR-NK细胞治疗及免疫代谢调控等领域取得了一系列原创性研究成果。迄今已在Cell、Nature Biotechnology(2019,2024,2026)、Cell Metabolism、Nature Biomedical Engineering、Nature Methods、Cell Discovery、Journal of Hematology & Oncology、Cancer Immunology Research等国际知名学术期刊发表论文近40篇,其中第一作者和通讯作者(含共同)论文18篇。部分研究成果受到Faculty1000、Nature Reviews Cancer、Nature Biotechnology、Cancer Discovery等学术平台及期刊的推荐和专题报道,并被ScienceDaily、Fierce Biotech、Yale News、Yale Scientific Magazine、EurekAlert!、Medical Xpress等国际媒体广泛关注。曾受邀接受MIT Technology Review China、《中国科学报》等媒体专访。在成果转化方面,已申请或授权国内外发明专利十余项,其中包括6项国际专利。部分自主研发的免疫治疗靶点和基因工程化技术已实现专利许可或技术转化。在学术服务方面,担任Immunity、Cell Metabolism、Nature Chemical Biology、Cell Discovery、STTT、Theranostics、Molecular Therapy等国际学术期刊的审稿人,并在Frontiers in Genome Editing和Frontiers in Genetics分别担任Associate Editor和Guest Associate Editor。

研究方向

1)新型基因编辑与靶向递送技术;

2)功能基因组学筛选与肿瘤免疫治疗;

3)免疫细胞工程与细胞治疗;

4)肿瘤免疫微环境与免疫逃逸;

5)免疫代谢与T细胞功能调控。


联系邮箱

lupeng.ye@nju.edu.cn


实验室网站

lupengyelab.com


代表性论文 (*Co-first author, †Corresponding author)

(全部论文https://scholar.google.com/citations?hl=en&user=gUqFuHMAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate)

1. L. Hong*, G. Chen*, Y. Liu*, Y. Cao*, X. Li*, W. Li, Y. Pan, H. Wang, G. Ru, S. Yang, M. Cheng, T. Lv, Y. Zhu, S. Huang, X. Nian, H. Ou, C. Wang, S. X. Gu, M. Lek, L. Ye†. (2026). A CD7-targeted AAV variant enables efficient T and NK cell engineering in vivo. Nature Biotechnology. (Corresponding Author)

2. Peng L*, Renauer P*, Sferruzza G, Yang L, Zou Y, Fang Z, Park J, Chow R, Zhang Y, Lin Q, Bai M, Sanchez A, Zhang Y, Lam S, Ye L† and Chen S†. (2024) In vivo AAV-SB-CRISPR screens of tumor-infiltrating primary NK cells identify genetic checkpoints of CAR-NK therapy. Nature Biotechnology. (Corresponding Author)

3. Ye L, Lam S, Yang L, Suzuki K, Zou Y, Lin Q, Zhang Y, Clark P, Peng L, Chen S†. (2023). AAV-mediated delivery of a Sleeping-Beauty transposon and an mRNA-encoded transposase for the engineering of therapeutic immune cells. Nature Biomedical Engineering.  (Cover Story) 

4. Renauer P, Park JJ, Bai M, Acosta A, Lee W, Lin G, Zhang Y, Dai X, Wang G, Errami Y, Wu T, Clark P, Ye L†, Yang Q†, Sidi Chen†. (2023). Immunogenetic metabolomics revealed key enzymes that modulate CAR-T metabolism and function. Cancer Immunology Research. (Corresponding Author)

5. Park, J.J.*, Codina, A.*, Ye, L.*, Lam, S., Guo, J., Clark, P., Zhou, X., Peng, L., and Chen, S†. (2022). Double knockout CRISPR screen for cancer resistance to T cell cytotoxicity. Journal of Hematology & Oncology 15:172. (*Contributed equally)

6.  Hong, L., and Ye, L †. (2022). The interferon-gamma receptor pathway: a new way to regulate CAR T cell-solid tumor cell adhesion. Signal Transduction and Target Therapy 7:315. (Corresponding Author)

7. Ye, L., Park, J.J., Peng, L., Yang, Q., Chow, R.D., Dong, M.B., Lam, S.Z., Guo, J., Tang, E., Zhang, Y., et al. (2022). A genome-scale gain-of-function CRISPR screen in CD8 T cells identifies proline metabolism as a means to enhance CAR-T therapy. Cell Metabolism 34:595-614. 

8. Ye, L., Park, J.J., Dong, M.B., Yang, Q., Chow, R.D., Peng, L., Du, Y., Guo, J., Dai, X., Wang, G., et al. (2019). In vivo CRISPR screening in CD8 T cells with AAV-Sleeping Beauty hybrid vectors identifies membrane targets for improving immunotherapy for glioblastoma. Nature Biotechnology 37:1302-1313. 

9. Dong, M.B.*, Wang, G.*, Chow, R.D.*, Ye, L.*, Zhu, L., Dai, X., Park, J.J., Kim, H.R., Errami, Y., Guzman, C.D., et al. (2019). Systematic Immunotherapy Target Discovery Using Genome-Scale In Vivo CRISPR Screens in CD8 T Cells. Cell 178:1189-1204. (*Contributed equally)

10. Chow, R.D.*, Wang, G.*, Ye, L.*, Codina, A., Kim, H.R., Shen, L., Dong, M.B., Errami, Y., and Chen, S.† (2019). In vivo profiling of metastatic double knockouts through CRISPR-Cpf1 screens. Nature Methods 16:405-408. (*Contributed equally)

11. Ye, L., Wang, C., Hong, L., Sun, N., Chen, D., Chen, S.†, and Han, F.† (2018). Programmable DNA repair with CRISPRa/i enhanced homology-directed repair efficiency with a single Cas9. Cell Discovery 4:46.  

12. Wang, G., Chow, R.D., Zhu, L., Bai, Z., Ye, L., Zhang, F., Renauer, P.A., Dong, M.B., Dai, X., Zhang, X., et al. (2020). CRISPR-GEMM Pooled Mutagenic Screening Identifies KMT2D as a Major Modulator of Immune Checkpoint Blockade. Cancer Discovery 10:1912-1933. 

 13. Sun, N.H., Chen, D.Y., Ye, L.P., Sheng, G., Gong, J.J., Chen, B.H., Lu, Y.M. †, and Han, F†. (2020). CRISPR-Sunspot: Imaging of endogenous low-abundance RNA at the single-molecule level in live cells. Theranostics 10:10993-11012. 

14. Wang, G., Chow, R.D., Bai, Z., Zhu, L., Errami, Y., Dai, X., Dong, M.B., Ye, L., Zhang, X., Renauer, P.A., et al. (2019). Multiplexed activation of endogenous genes by CRISPRa elicits potent antitumor immunity. Nature Immunology 20:1494-1505. 

15. Codina, A., Renauer, P.A., Wang, G., Chow, R.D., Park, J.J., Ye, H., Zhang, K., Dong, M.B., Gassaway, B., Ye, L., et al. (2019). Convergent Identification and Interrogation of Tumor-Intrinsic Factors that Modulate Cancer Immunity In Vivo. Cell Systems 8:136-151. 

16. Wang, G., Chow, R.D., Ye, L., Guzman, C.D., Dai, X., Dong, M.B., Zhang, F., Sharp, P.A., Platt, R.J., and Chen, S†. (2018). Mapping a functional cancer genome atlas of tumor suppressors in mouse liver using AAV-CRISPR-mediated direct in vivo screening. Science Advances 4. 

17. Chow, R.D., Guzman, C.D., Wang, G., Schmidt, F., Youngblood, M.W., Ye, L., Errami, Y., Dong, M.B., Martinez, M.A., Zhang, S., et al. (2017). AAV-mediated direct in vivo CRISPR screen identifies functional suppressors in glioblastoma. Nature Neuroscience 20:1329-1341. 

18. Ye, L., Qian, Q., Zhang, Y., You, Z., Che, J., Song, J., and Zhong, B†. (2015a). Analysis of the sericin1 promoter and assisted detection of exogenous gene expression efficiency in the silkworm Bombyx mori L. Scientific Reports 5:8301. 

19. Ye, L., You, Z., Qian, Q., Zhang, Y., Che, J., Song, J., and Zhong, B†. (2015b). TAL effectors mediate high-efficiency transposition of the piggyBac transposon in silkworm Bombyx mori L. Scientific Reports 5:17172.